Томпсон почина утринава, а причината за смртта на еден од најголемите тренери во универзитетската кошарка сè уште не е позната. Томпсон беше првиот главен тренер Афроамериканец кој освоил НЦАА титула. Томпсон и неговиот Џорџтаун триумфираа во НЦАА лигата во 1984 година кога предводник на теренот беше легендарниот центар на Њујорк никс, Патрик Јуинг.

Џон Томпсон беше главен тренер на Џорџтаун дури 27 години и е рекордер по бројот на победите (596).

Пред тренерската кариера, Томпсон имаше и кратка играчка кариера, во 1964 година како играч на Универзитетот Провиденс беше избран во најдобриот Ол американ тим во колеџ кошарката.
Потоа на НБА драфтот беше избран од Бостон селтикс каде играше две сезони и освои две НБА титули.

Томпсон потоа се посвети на тренерската кариера која ја заполчна како тренер во средно училиште во Вашингтон, а потоа доаѓа на клупата на познатиот Универзитет Џорџтаун.

Меѓу најголеми НБА ѕвезди кои играле за Томпсон во Џорџтаун покрај Јуинг се и Ален Ајверсон, Алонзо Морнинг, Дикембе Мутомбо…
Тој на клупата на Џорџтаун седеше се до 1999 година, а истата година беше примен и во кошаркарската куќа на славните.