Κυβέρνησε σοφά και με ζήλο με την Αγία Εκκλησία ως ο μέγιστος αρχιεφημέριος Κωνσταντινουπόλεως. Όταν ο Λέων ο Αρμένιος στάθηκε ενάντια στις εικόνες, εναντιώθηκε στον αυτοκράτορα και πρώτα τον συμβούλεψε, αλλά μετά τον εξέθεσε. Εξαιτίας αυτού, ο πονηρός βασιλιάς τον εξόρισε στο νησί της Προκόνης. Στο νησί αυτό υπήρχε ένα μοναστήρι που είχε χτίσει ο ίδιος ο Νικηφόρος προς τιμή του Αγίου Θεοδώρου. Εκεί ο ομολογητής της Ορθόδοξης πίστης πέρασε δεκατρία χρόνια και μετά κοιμήθηκε εν Κυρίω το 827. Αφού πέθαναν όλοι οι εικονομάχοι αυτοκράτορες και ο Μιχαήλ κάθισε στον αυτοκρατορικό θρόνο με τη μητέρα του Θεοδώρα, και ο πατριάρχης Μεθόδιος επέστρεψε στο πατριαρχείο, τότε (846) τα λείψανα του Αγίου Νικηφόρου μεταφέρθηκαν από την Προκώνη στην Κωνσταντινούπολη και εναποτέθηκαν πρώτα στην εκκλησία. του Αγ. Ο κύριος εορτασμός αυτού του ιεράρχη είναι στις 2 Ιουνίου και στις 13 Μαρτίου εορτάζεται η εύρεση και μεταφορά των άφθαρτων λειψάνων του. Ο Άγιος Νικηφόρος εξορίστηκε από την Κωνσταντινούπολη στις 13 Μαρτίου και δεκαεννέα χρόνια αργότερα την ίδια ημερομηνία μεταφέρθηκαν τα ιερά λείψανά του στην πρωτεύουσα.