Рано напуснал светската суматоха и се оттеглил в пещера, където живял като отшелник в аскеза четиридесет години. Тогава станало така, че епископската катедра в Икония била овакантена и Амфилохий по чуден начин бил избран и ръкоположен за епископ на Икония. Той беше прекрасен пастир и велик защитник на чистата православна вяра. Участва във II Вселенски събор през 381 г. Той ревностно се борил срещу нечестивия македонец и срещу арианите и Евномий. Той лично моли император Теодосий Велики да изгони арианите от всеки град в държавата. Когато епископът беше въведен в приемната, императорът седеше на трона, а от дясната му страна беше неговият син Аркадий, когото той беше направил свой съимператор. Когато Амфилохий влезе, той се поклони на цар Теодосий, а Аркадий, царския син, дори не погледна, въпреки че него го нямаше. Император Теодосий бил много ядосан от това и наредил Амфилохий незабавно да бъде изгонен от двореца. Освен многобройни дела и подвизи, Свети Амфилохий написал и няколко книги за вярата. Той почина през 395 г. в дълбока старост и премина в безсмъртен живот.